Ajena a un rôle d’information, de prévention et de conseil dans le domaine de l’énergie du bâtiment. Elle est notamment membre des espaces conseil FAIRE dans le département du Jura pour l’aide à la rénovation chez les particuliers, l’association est également missionnée par l’ADEME pour conseiller les communes sur les énergies renouvelables. Enfin, le pôle AJENA de Besançon mène régulièrement des missions de Recherche et Développement sur la rénovation du bâti ancien, en outre il est également partenaire avec le Grand Besançon pour le prêt des mallettes énergie aux particuliers.

Structure de référence sur son territoire, le Conservatoire botanique national de Franche-Comté – Observatoire régional des Invertébrés (CBNFC-ORI) est en charge de la connaissance et du suivi de la flore sauvage, des habitats naturels et des insectes, de la conservation de la flore et des insectes rares et/ou menacés et joue le rôle d’expert auprès des établissements publics et collectivités territoriales. Il mobilise également ce socle de connaissances pour la vulgarisation, l'information et la sensibilisation du public, ainsi que la formation des acteurs locaux.

Depuis sa création en 1991, le Conservatoire d'espaces naturels de Franche-comté, association loi 1901, agréée par l’État et la Région, agit pour préserver les milieux naturels, la faune, la flore de Franche-comté. Il intervient sur le terrain en concertation et en partenariat avec les acteurs locaux autour de 5 missions principales : connaître, protéger, gérer, valoriser, accompagner.

Créée en 1988, la Fédération des Conservatoires d'espaces naturels rassemble les Conservatoires d'espaces naturels. Elle a pour mission principale de représenter le réseau et de favoriser les échanges entre ses membres, afin de renforcer leurs actions sur le terrain. Les 22 Conservatoires sont adhérents.
La Fédération des Conservatoires d'espaces naturels coordonne, participe et accompagne des programmes nationaux et territoriaux. Elle coordonne notamment le Pôle-relais tourbières et le Plan National d’Actions Chiroptères, tous deux implantés à Besançon, au sein de la Maison de l’Environnement de Bourgogne Franche Comté.

FNE BFC est une fédération régionale, représentante locale de France Nature Environnement (FNE), fédération nationale déclarée d’utilité publique et agréée au titre de l’article L141-1 du code de l’Environnement.
Grâce aux fédérations et associations locales membres, à ses 3 pôles, Transition-Action, Biodiversit'haies et Débat Public ainsi qu'à l'action de ses bénévoles, elle a pour objet la protection de la nature et de l’environnement, dans la perspective humaniste d’une société soutenable et solidaire.

Membre du réseau national de France Nature Environnement, FNE Doubs réunit les associations œuvrant à la préservation de l’environnement et de la Nature du Doubs. Elle participe en outre à des collectifs thématiques. Ses adhérents sont multiples et dispersés sur le territoire départemental : FNE Doubs doit veiller à ce que tout ce monde associatif se connaisse, échange, partage connaissances, informations et actions. FNE 25 doit organiser la vie et les actions collectives, concevoir des stratégies communes d'actions. Ses domaines d'interventions sont tout ceux qui intéressent nos territoires ; elle privilégie toujours une démarche de dialogue.

Le GRAINE (Groupe régional d’accompagnement et d’initiation à la nature et à l’environnement) met en réseau des acteurs qui agissent dans le champ de l’éducation à l’environnement et au développement durable (EEDD) et qui ont la volonté commune d’échanger, de mutualiser leurs connaissances et leurs moyens d’action, pour faire progresser l’EEDD sur le territoire régional.
De ce fait, son objectif principal consiste à développer et faire connaître l’éducation à l’environnement.

La LPO Bourgogne Franche-Comté est une association locale de protection de la nature. Forte de son expertise, elle agit sur son territoire pour les oiseaux et la biodiversité. Elle œuvre à mieux connaître les espèces et à mieux les protéger par des actions concrètes et adaptées.
Elle sensibilise et accompagne tous les publics (scolaires, grand public, associations, agriculteurs, services de l’Etat, collectivités, entreprises…) grâce au soutien de nombreux partenaires publics et privés.
Ses missions s’organisent autour de trois axes :
Partager d'expertise et de savoir-faire, mobiliser à toutes échelles, agir pour la biodiversité

Créée en 1993, l'Office pour les insectes et leur environnement de Franche-Comté (Opie-FC) est une délégation régionale de l'Opie basé près de Versailles. L'association intègre dans ses rangs des amateurs de la région passionnés par les insectes et autres invertébrés, leur connaissance et leur protection. Les compétences des bénévoles et les activités proposées amènent l'Opie à travailler en étroite collaboration avec les autres naturalistes locaux et de nombreux partenaires, tels que le CBNFC-ORI, le CEN FC et la LPO BFC dans ce domaine particulier.
L'association participe à l'amélioration de la connaissance entomologique franc-comtoise, notamment via des inventaires et des publications.